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有人会想，如果按我前面论及的科学与信仰的关系，每一个科学家都应成为虔诚的基督徒才对，为什么现实并非如此呢？这是一个很好的问题。问题的答案是，科学至上的科学主义世界观，是阻碍一些科学家认识神的一个重要原因。什么是科学主义呢？何天择博士在《人从那里来》一书中，对科学主义这样描述说：「将科学局部的知识视为人类全部的知识，将科学有限的范围视为惟一的境界，将科学相对的学说视为绝对的真理，并以为在科学之外的其他学问都没有研讨的价值。以为科学可以解决人生一切问题，所以高唱『科学万能』。这便是科学主义。」39 笔者认为这是很中肯的。
现代科学的发展对人类进步所起的重要作用是无可置疑、有目共睹的。不幸的是，自从人们在科学研究中开始抛弃神后，科学家对神这个造物主的崇拜，便逐渐演变为对受造的科学规律和受造的人的理智的崇拜。人把自己当作宇宙的主宰，把科学方法看着是检验一切真理的惟一标准。科学成了二十世纪的新宗教，被无数人盲目地顶礼膜拜，视为神圣不可侵犯。
我们经常可以看到这样的现象：如果一个科学家举办讲座，听众不管是否听得明白，都无条件地接受；而且，往往越听不懂越是自叹不如：这道理太高深了，这个科学家的知识太渊博了！从不对科学所讲的东西置疑。相反，如果是一个神学家讲道，无论他讲得如何清晰易懂，如何有根有据，人们也会疑云满布，百般挑剔。
科学主义的产生除了摒弃神这个主因外，也有认识论、方法论的根源。前面已经谈过，现代实验科学的主要方法是演绎法和归纳法。归纳法以观察、实验开始，从大量数据中找出规律来。演绎法虽以假设开始，却一定要以观察、实验的数据加以验证。因此，在科学研究中，始终十分重视实证，这是完全正确的。然而，如果把这种重实验数据的研究方法，不恰当地由物质世界扩展到灵性世界、由研究被造的自然界扩展到探知造物主时，就成了谬误。
科学不是包治百病的灵丹妙药，科学（尤其是实验科学）的局限性有如下几个方面。首先，科学研究的对象必须是可以重演的(Reproducibility)、被动的(Manageability)和可以量度的(Observability)。我们得到的实验结果必须可以不断地重复。如果我们公布一个新发现，而他人无法在相同的条件下得到相同的结果，这个新发现是不会得到公认的。但是，历史上发生过的事件（如辛亥革命），个人一生中只发生过一次的经历（如初恋）和业已完成的事情（如生命的起源）都无法重演，因此不能用科学加以研究。
所谓被动性是说，当研究者改变一个实验条件，被研究的对象一定要作出相关的反应，这样，我们才能发现各事物之间的联系。如果，无论我们如何改变条件，对研究对象或无动于衷或乱变一通，研究工作就无法进行。神不在我们的控制之中，而且远远高于人，所以我们不能用科学方法去研究神。
另外，被研究的对象一定可以量度，如长度、大小、重量、强度等等。一次和一位朋友谈到此点时，我说：「爱是无法用科学方法研究的，因为爱无法量度。」他立即反驳说：「爱是可以用科学方法研究的！据说科学家已经发现，当人表现爱时，会发出一种波。」我说：「至今为止，我尚不知道爱可以用波来测量。即便真是如此，这恰好证明了我的论点：只有可量度的东西，科学才能研究。」对方听后先是一楞，尔后哑然失笑。研究对象的限制，使科学研究不仅是有范围的，而且范围是狭窄的。科学研究得到的知识只是人类知识的一部分。
其次，科学研究的成果是中性的。科学成果，如化学物质、细菌培养、原子能等，既可造福于人类，又可成为人类互相残杀的武器。而且科学发展使生态破坏、环境污染、能源枯竭等问题日趋严重。
第三，科学研究对灵性世界鞭长莫及。在第一章里我已谈到，和物质世界一样，灵性世界也是一个客观实体。灵界中有神，有灵界的受造物天使和部分天使堕落后变成的魔鬼撒但等邪灵。灵界存有的智慧远远高于人类的智慧。科学中有一条「铁律」：证明、研究者，一定要大于或等于被证明、研究的对象。相对于灵界，人类既无量度标准可用，其智慧又远所不及，科学只有望洋兴叹。「神是个灵，所以拜祂的必须用心灵和诚实拜祂」（约四24）。心灵和诚实是认识神的惟一途径。
第四，科学无论如何发展，也无法解决人心和道德问题。纵观人类历史，科学事业一直在向前发展，近二、三百年尤为显著。但是人的道德水平并没有随科学发展而相应地提高。相反，科学愈发达，人心愈诡诈，道德愈沈沦。
当今的美国就是例子。难怪在美国太空事业取得辉煌成功时，当时的美国总统尼克松在就职典礼和国情咨文中多次大声疾呼：「我们固然在征服外层空间方面需要更大的抱负，同样地，我们也需要征服我们的内太空──人类的内在心灵。」尼克松是受人尊敬的、富有远见的政治家。不幸的是，他因水门事件下台，在内太空征服战中败阵下来。然而，征服内太空的必要性是随时可见的。
一篇文章曾谈及纽约的公共汽车问题。在上、下班的高峰期，公共汽车十分拥挤，等车的人拼命想挤上车；一旦上车后大都堵在车门口，希望方便下车。为了使更多的乘客能上车，司机请车门口的乘客向空着的中间移动，但不管他如何劝说，毫无功效。司机不禁长叹，「我们已经可以把人送上月球，却无法让人从车门口向车中间挪一步……」。
第五，科学研究的结论并非总是客观、可靠的，因它们必然为科学家的道德水平和信仰体系所左右。由于各种私利的影响，科学界作假的事屡屡发生。虽然被揭露的仅是少数，但这类丑闻仍常常曝光，中外科学家皆不例外。更重要的是，从假设、实验方法到对数据的取舍，得出结论，无不受到科学家信仰、世界观的影响，甚至扭曲，没有人能够超脱。达尔文提出进化论和爱因斯坦的宇宙常数，是著名的例子（详见第六章）。
科学是研究神的正常作为；当神不按祂所造的自然律行事时，神迹就发生了，科学就无能为力了。因此，有人将科学和神迹对立起来，但这是大可不必的。有神就必有神迹。其实，自然规律和人自身，就是我们看惯了的神迹。按《圣经》记载，大洪水之后，「挪亚为耶和华筑了一座坛，拿各类洁净的牲畜、飞鸟，献在坛上为燔祭。耶和华闻那馨香之气，就心里说：『我不再因人的缘故咒诅地（人从小时心里怀着恶念），也不再按着我才行的，灭各种的活物了。地还存留的时候，稼穑、寒暑、冬夏、昼夜，就永不停息了』」（创八20～22）。正是神的这个恩典和应许，从那时起，除主耶稣再来时将要发生的普世性超然现象外，别的神迹都在有限的时、空中发生；在绝大部分的时、空中，自然规律照常运行，科学研究才成为可能。
上帝是独一无二的造物之主，人类是受造之物。人类的科学研究只是探测神所「授与」的宇宙，无法直接了解神，因祂可以介入宇宙，也可以超越宇宙。科学研究可以看到神的作为，但不能见神自己；可以知道有神，却不知神的特征（一神、多神？自然神、泛神还是与人类密切相交、有位格的神？）和旨意。这些只能从神的特殊启示──《圣经》中才能明白。在认识神的过程中，划清造物主和受造物的界限是非常重要的。我们人类处在四度时空中。一度一条线，两度一个面，三度是立体，多一度就多很多内涵。神在几度空间呢？有科学家推算，宇宙的空间可能有十一度到二十六度之多。五度空间现在就难以想象了，十一度、二十六度更无从想起，何况神还在二十六度之外呢！所以，神与人之间的差距之大，是远远超出我们的想象的。然而，人们常常抹煞神和人的区别。要不，人要升到神的位置，甚至比神还高，对神品头品足，妄加评论，要把神圈在人的理性的圈子内，否则不能信祂；要不，把神拉下来和人一样高，认为人做不到的事，神也做不到：因为人不能童女生子、不能死而复活，所以耶稣为童女所生并从死里复活就根本不可能。然而，一个简单的真理是：人是受造物，必须伏在自然律下面，不能超越；神是自然律的创造者，是可以随己意改变、超越祂所造的自然律的。如果能回到自己受造的本位、谦卑地仰望神，那人们离认识神就不会很远了。
「拿出证据来！」不信神的常常理直气壮地这样说，「我是搞科学的，如果有充分的数据说明有神，我就信！」大家习惯于「眼见为实」；搞科研的人更强调实证。所以，对五官不能感受的神的真实性总是心里存疑。这些是可以理解的。然而，既便是实验学科，定律也并非仅仅是数据、数据的归纳。爱因斯坦的相对论的两个前设并不是基于实证，而是后来才被证实的。数学是极为严谨的学科，但数学的很多公理的前设都是未经证明，甚至无法证明的。如果要求首先证明这些前设，数学研究就不可能进行。更重要的是，所有实验科学的共同大前提是「自然划一原则」(Principle of Uniformity of Nature)，即，自然规律是宇宙性的、不变的。这个原则早已被人们视为理所当然。没有这个原则，一切科学研究都不能进行。但这个原则是未经证明、也无法证明的。帕斯卡说：「如何证明人知道自己有一天会死？如何证明明天太阳一定会再度升起？这种深入我们下意识的，就是一种说不出的信心。」自然划一原则正是源于基督教的独一真神的信仰，源于人们对神的信心。所以，没有信心，寸步难行。我们对神的信心不是盲目的。《圣经》说：「信就是所望之事的实底，是未见之事的确据」（来十一1）。信心是一种确据。我们信神的确据就是：《圣经》都是神的启示、耶稣从死里复活的历史事实，以及千百万基督徒的生命见证。有了这种确据，我们就可以产生信心飞跃，相信那「看不见」的神。
人不仅有感性、理性，更有灵性。人是有灵的活物。神是个灵，我们要用心灵和诚实去拜祂。神是要用灵性去悟的。很可惜，人们常常不是用灵性提升理性，反而用理性压抑灵性。有时，有人的心灵已悟到圣灵的启示，要相信耶稣，但理性马上泼冷水：「别头脑发热！想清楚了再说！」基督教信仰并不排斥理性，是包含理性、超过理性的。有人坚持说，要弄明白了才信，看见了才信。殊不知，在信仰问题上，逻辑恰恰相反：信了才能明白，信了才能看见！因为，「属血气的人不领会神圣灵的事，反倒以为愚拙；并且不能知道，因为这些事惟有属灵的人才能看透」（林前二14）。「圣灵参透万事，就是神深奥的事也参透了。……除了神的灵，也没有人知道神的事」（林前二10～11）。不信耶稣时，我们都是属血气的。「你们既听见真理的道，就是那叫你们得救的福音，也信了基督，既然信祂，就受了所应许的圣灵为记印」（弗一13）。每个相信耶稣的人都因得到圣灵进住，成为属灵的人。许多基督徒都见证说，信耶稣后，过去很多无法弄清楚的问题都烟消云散了。一位理论物理学博士走过了超越理性的信仰路程后，他在一本书里谈到一个生动的例子。外层空间有一种奇特的现象。人们在宇宙飞船里回头望，可以看到耀眼的太阳；如果转头向前看，不是片灿烂阳光，而是异常的黑暗。因为外层空间没有粒子，不能将阳光折射或漫射到人们眼里。但是，如果你相信外层空间的黑暗里充满了阳光，马上就能看见：只须把手伸出船舷，手就闪闪发光。如果你什么也不做，非看见才相信黑暗中有光，那就永远看不见！40