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分子生物学的发展，使人们可以详尽比较生物间的大分子的分子结构。基于进化时间与分子差异成正比的假设，提出了「分子钟」的概念。然而，分子钟并不支持进化的预期。潘柏滔博士说：「从人类和猩猩中，提炼出来的四十三种蛋白质被上述的核酸杂交法、免疫法测验、电泳测度法，和比较氨基酸排列的方法测量后，所得的结论乃是：在同科（Family）不同属（genera）的种（species）中，其遗传距离比猩猩与人类之间的遗传距离还大得多；而猩猩与人类乃是属于两个不同的科。」21 钱锟博士指出：「可惜，除了在微进化上稍微能应用之外，分子时钟反而使进化论者之间产生极大的矛盾。例如，蛙类形态相似，但蛙彼此之间巨分子的差异，竟然等于蛙类与多类哺乳动物之间的距离。细胞色素C（Cytochrome）是被人研究得最详尽的蛋白。应用在广进化上，发现细菌与鱼类、昆虫、植物，甚至与人几乎等距；与进化的预期完全不符。」22
综上所述，达尔文的自然选择的假说与事实之间有很多矛盾。随着时间的推移和研究的深入，这些矛盾变得更加尖锐而不可调和。詹腓力尖锐地指出：「在此我要提出一个最基本的问题。既然达尔文主义有这么多问题，进化论又缺乏更理论的构架来取代，为什么我们不重估整个构架？科学家有什么理由，绝对确知所有的生物真是从惟一的简单生物开始的呢？」23
科学还是哲学？
科学（主要指实验科学）与哲学的一大区别是，科学要求重复求证。达尔文的进化论则更像哲学。钱锟指出：「詹氏引用朴柏分析科学与伪科学方法，比较爱因斯坦与达尔文治学的方法。爱因斯坦不顾一切，大胆预测普遍相对论应有的结果。如果预测与实验的结果不符，他的学说就有被推翻的危险。达尔文从起头就没有提出任何冒险性的实际实验。他首先以雄辩解除化石记录并不支持进化的困难。他又依靠人工繁殖以及微进化作为广进化最终极的证据。所以，这门科学从开始就走错了。」24
很早就有学者指出，「适者生存」是哲学上的一种「赘述」，一种重复。「适者」与「生存」互为因果，因此「适者生存」是合逻辑、打不倒的「真理」。当代达尔文的代言人儒斯（Michael Russ），一九九三年在世界最大的科学组织AAAS会议上宣布，经过十年法庭论战，最终承认进化论有不可论证的哲学基础。当时全场一片死寂。25
尽管有人不承认进化论有不可论证的前设，但事实的确如此。进化论的推理是：有相似性状就有亲缘关系。但此推理不一定正确。有亲缘关系的生物定有相似性状；但有相似性状不一定必有亲缘关系。正如，亲哥儿俩长得很相像；但长得很相像的未必是亲哥儿俩。李志航博士说：「在目前物理学中，所有电子都是一样的。然而有些电子来自早年的宇宙，有些电子在加速器中产生，有些则出自中子的蜕变。所以不能说它们有同样一个源头。」26 不同生物有相似的器官、组织、结构，甚至相似的大分子或基因，这可以有两种解释：一、它们有亲缘关系；二、并无亲缘关系，但因要适应类似的生态环境。这两种解释都有道理，但都无法用科学求证。且不说现在找不到中间型的生物，即使将来找到了大量中间型生物，进化论也只是一种解释方法或一种可能性，而不能证明其必然性。